日本では本州中部以北、北海道に分布し、海外ではアラスカからカムチャッカ、シベリア東部に産する。

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​母種に当たる「フユノハナワラビ」（Sceptridium multifidum）は東北地方以南の本州、四国、九州、朝鮮半島、中国、台湾、ヒマラヤに産し、

 

エゾフユノハナワラビはフユノハナワラビと比べて毛が多く、子羽片はほとんど無柄であることから区別がつく。

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​「エゾフユノハナワラビ」の名は北海道に多く、冬緑性のシダであることが由来と思われる。